Arviointiraportti Corman-Drosten et al.

Eurosurveillance 2020

Tämä arviointiraportti luovutettiin Eurosurveillance -julkaisun toimituksen johtokunnalle 27.11.2020, mukana kaikkien arviointiryhmän pää- ja avustavien kirjoittajien allekirjoittama julkaisun takaisinvetovaatimus. Ensimmäinen ja viimeinen listatuista nimistä ovat pääkirjoittajia, välissä olevat avustavia kirjoittajia.

Huom: Tässä on esitetty raportin pääkohdat. Alkuosa on suora käännös englannista suomeksi, yhteenvetoluetteloon on otettu vapaammin poimintoja koko raportista.

Tästä voit ladata käännöksen pdf-tiedostona:

 

Ulkopuolinen vertaisarviointi RT-PCR testistä SARS-CoV-2 viruksen havaitsemiseksi paljastaa 10 merkittävää tieteellistä virhettä sekä molekyyli- ETTÄ metodologisella tasolla: vaikutuksia virheellisiin positiivisiin tuloksiin.

Alkuperäinen raportti englanniksi: External peer review of the RTPCR test to detect SARS-CoV-2 reveals 10 major scientific flaws at the molecular and methodological level: consequences for false positive results.

 

Pieter Borger 1 *, Rajesh K. Malhotra 2 , Michael Yeadon 3 , Clare Craig 4 , Kevin McKernan 5
Klaus Steger 6 , Paul McSheehy 7 , Lidiya Angelova 8 , Fabio Franchi 9 , Thomas Binder 10
Henrik Ullrich 11 , Makoto Ohashi 12 , Stefano Scoglio 13 , Marjolein Doesburg-van Kleffens 14
Dorothea Gilbert 15 , Rainer J. Klement 16 , Ruth Schruefer 17 , Berber W. Pieksma 18 , Jan Bonte 19 ,
Bruno H. Dalle Carbonara20, Kevin P. Corbett 21, Ulrike Kämmerer 22 .

TIIVISTELMÄ

Julkaisussa “Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR” (Eurosurveillance 25(8) 2020) /1/ kirjoittajat esittävät diagnostisen toimintakaavion ja RT-qPCR* protokollan 2019-nCoV (myöhemmin nimetty SARS-CoV-2) viruksen määrittämiseen ja diagnosointiin, minkä he väittävät todennetun (validoidun), kuten myös olevan kestävä diagnosointimenetelmä käytettäväksi julkisen terveydenhuollon laboratorio-olosuhteissa.

Kaikkien niiden seurausten valossa, joita tämä nimenomainen julkaisu on aiheuttanut yhteiskunnissa ympäri maailman, ryhmä riippumattomia tutkijoita suoritti edellä mainitulle julkaisulle kohta kohdalta arvioinnin, jossa 1) esitetyn kokeen kaikki komponentit ristiintarkastettiin, 2) RT-qPCR protokollasuositukset arvioitiin hyvää laboratoriokäytäntöä vasten, ja 3) parametrit tarkasteltiin asiaankuuluvaa aihealuetta käsittelevää tieteellistä kirjallisuutta vasten.

Julkaistu PT-qPCR protokolla 2019-nCoV viruksen havaitsemista ja diagnosointia varten ja sen käsikirjoitus kärsivät lukuisista teknisistä ja tieteellisistä virheistä, sisältäen riittämättömän apu-primerin (DNA replikaatioista vastaava entsyymijakso) suunnittelun, ongelmallisen ja riittämättömän RT-qPCR protokollan, ja testin (tarkkuuden) luotettavuusarvioinnin puuttumisena. Sekä esitetty testi, että käsikirjoitus itsessään eivät täytä hyväksyttävälle tieteelliselle tutkimukselle asetettuja vaatimuksia. Sen lisäksi, kirjoittajien vakavia intressiristiriitoja ei ole mainittu. Lopuksi, hyvin lyhyt aikaväli julkaisun luovutuksen ja hyväksymisen välillä (24 tuntia) merkitsee että systemaattista vertaisarviointia ei joko ole tässä tehty tai se on ongelmallisen heikkolaatuinen. Me tarjoamme voimakkaan todistusaineiston useista tieteellisistä puutteista, virheistä ja vioista.

Ottaen huomioon tässä esitetyt tieteelliset ja metodologiset viat, me olemme varmoja, että Eurosurveillance toimituksen johtokunnalla ei ole muuta vaihtoehtoa kuin vetää julkaisu takaisin.

TIIVIS ARVIOINTIRAPORTTI

Tämä raportti tuo Corman-Drosten julkaisusta esiin lukuisia vakavia vikoja, joiden merkittävyys on johtanut kansainväliseen SARS-CoV-2 virukseen liitetyn infektion ja siihen yhdistetyn COVID-19 sairauden väärään diagnosointiin. Olemme joutuneet kohtaamaan ankarat eristämistoimenpiteet, jotka ovat tuhonneet monien ihmisten elämän ja toimeentulon sekä rajoittanut pääsyä koulutukseen. Nämä hallitusten määräämät rajoitukset maailmanlaajuisesti ovat suora hyökkäys ihmisten perusoikeuksia ja heidän henkilökohtaisia vapauksiaan vastaan ja ne ovat johtaneet merkittäviin vahinkoihin koko taloudessa globaalissa mittakaavassa.

Corman-Drosten julkaisussa on 10 kohtalokasta ongelmaa, jotka on kuvattu ja selitetty yksityiskohtaisemmin arviointiraportissa /6/. Seuraavassa ne esitetään lyhyesti pääpiirteissään.

Ensimmäinen ja tärkein ongelma on, että uusi koronavirus SARS-CoV-2*** perustuu teoreettiseen sekvenssijonoon, jonka kiinalainen laboratorio on toimittanut /1/, koska sillä hetkellä ei ollut saatavissa tartuntavaarallista (“elävää”) vertailumateriaalia tai inaktivoitua SARS-CoV-2:ta, eikä viruksen eristettyä RNA genomia ollut saatavilla kirjoittajille. Tähän päivään mennessä kirjoittajat eivät ole tarkistaneet sen oikeellisuutta (validoineet) perustuen eristettyihin SARS-CoV-2 viruksiin tai kokopitkään RNA:han. Corman et al. mukaan:

“Tarkoituksenamme oli kehittää ja ottaa käyttöön kestävä diagnosointityökalu käytettäväksi julkisen terveydenhuollon laboratorio-olosuhteissa ilman olemassa olevaa virusmateriaalia.” /1/

Huomio tulisi kiinnittää kahteen ilmaistuun aikomukseen: a) kehittäminen ja b) ottaa käyttöön diagnostinen testi käytettäväksi julkisen terveydenhuollon laboratorio-olosuhteissa. Nämä tarkoitukset eivät ole saavutettavissa ilman, että saatavilla on varsinaista virusmateriaalia (esim. infektoivan viruskuorman määrittämiseksi). Joka tapauksessa, vain maksimaalisen tarkkuuden omaava protokolla voi olla pakollinen ja ensisijainen päämäärä tämän mittaluokan skenaarion lopputuloksena, ja on Christian Drostenin ryhmän vastuulla suorittaa nämä kokeet ja tarjota elintärkeä data.

Yhtä kaikki näitä teoreettisia sekvenssijonoja käytettiin kehittämään RT-PCR testi metodi identifioimaan mainittu virus. Malli perustui olettamukseen, että uusi virus on hyvin samanlainen kuin SARS-CoV vuodelta 2003, koska molemmat ovat beta-koronaviruksia.

PCR testi oli siksi suunniteltu käyttäen SARS-CoV genomi jaksoa kontrollimateriaalina Sarbeco komponentille; tiedämme tämän henkilökohtaisen email-yhteyden kautta /2/ yhteen Corman-Drosten julkaisun kirjoittajista. Tätä metodia mallintaa SARS-CoV-2 virusta oli kuvattu Corman-Drosten julkaisussa seuraavasti: “diagnostisen työnkulun laatiminen ja oikeellisuuden varmistaminen 2019-nCoV viruksen seulontaa ja lajivahvistusta varten, suunniteltu ilman saatavilla olevaa eristettyä virusta tai alkuperäistä näytettä. Suunnittelu ja validointi olivat mahdollisia 2003 SARS-CoV:in läheisen geneettisen sukulaisuuden kautta, ja käyttämällä apuna synteettistä nukleiinihappoteknologiaa.”

The Reverse Polymerase Chain Reaction* (RT-PCR) on tärkeä biomolekylaarinen teknologia nopeaan etukäteen tunnettujen harvinaisten RNA katkelmien määrittämiseen. Ensivaiheessa, näytteessä olevat RNA molekyylit käännetään tuottamaan cDNA. (Koska PCR testi toimii sillä). cDNA sitten monistetaan polymeeriketjureaktiossa käyttäen määrättyä apu-primer** entsyymiä ja lämpöstabiilia DNA polymeraasientsyymiä. Teknologia on hyvin herkkää ja sen teoreettinen määritysraja on 1 moilekyyli cDNA:ta. Biomolekylaariset suunnitteluvirheet vaikuttavat suuresti PCR testin tarkkuuteen.

MERKITTÄVIMMÄT VIRHEET CORMAN-DROSTEN JULKAISUSSA

Taustaa

Julkaisun kirjoittajat esittelevät tieteellisen työnsä taustaa seuraavasti: “Meneillään oleva äskettäin esiin noussut uusi koronavirusaalto (2019-nCoV) muodostaa haasteen julkisen terveydenhuollon laboratorioille, koska eristettyjä virus-isolaatteja ei ole saatavilla samaan aikaan kun on kasvavaa näyttöä, että infektioaalto on levinnyt laajemmalle kuin alussa oli ajateltu, ja kansainvälistä leviämistä matkailijoiden mukana tapahtuu jo”.

BBC Newsin /4/ ja Google Statisticsin /5/ mukaan tällöin oli 6 kuollutta maailmanlaajuisesti 21.1.2020, jolloin käsikirjoitus jätettiin. Miksi kirjoittajat olettivat julkisen terveydenhuollon laboratorioille aiheutuvan haasteita, kun siihen aikaan ei ollut merkittävää näyttöä indikoimassa, että infektioaalto olisi laajemmalle levinnyt kuin alun perin oli oletettu?

Tarkoituksenaan kirjoittajat ilmoittivat kehittää ja ottaa käyttöön kestävä diagnosointimenetelmä käytettäväksi julkisen terveydenhuollon laboratorio-olosuhteissa ilman, että virusta on saatavilla. Edelleen, he tunnustavat, että “Tämä kyseessä oleva (tutkimus) julkaisu havainnollistaa sitä valtavaa akateemisten ja julkisten laboratorioiden reagointikapasiteettia, mikä on saavutettu kansallisen ja Euroopan tutkimusverkoston koordinoinnin kautta.”

 

Yhteenvetoluettelo Corman-Drosten julkaisusta löydetyistä virheistä

Samalla tuodaan esille asioita, jotka ovat tärkeitä suunniteltaessa Corman-Drostenin julkaisussa kuvattua RT-PCR testiä ja kvantitatiivista RT-qPCR testiä.

Huom: Tämän artikkelin alku oli suora käännös raportin alkuosasta. Tässä esitetty yhteenveto on koostettu raportin loppuosasta ja numerointi poikkeaa joiltain osin raportin lopun yhteenvedossa käytetystä, koska lopussa oleva aihealueiden numerointi poikkeaa aiemmassa sisältöosassa esitetystä. Tarkempaa kuvausta varten suositellaan käymään läpi alkuperäinen raportti /6/.

1. Monistuksen apuaineiden virheelliset konsentraatiot

Ei ole olemassa mitään erityistä syytä käyttää näitä erittäin korkeita apuaineiden (primer) konsentraatioita tässä menetelmässä. Kuvatun kaltaiset pitoisuudet johtavat kasvaneisiin epätyypillisiin sidoksiin ja PCR tuotteen monistuksiin, tehden testistä epäsopivan lajityyppiseksi diagnosointityökaluksi identifioimaan SARS-CoV2 virusta.

2. Apuaineiden (primers and probes) määrittelemättömät osat

Primereiden kuusi yksilöimätöntä (emästen A, T, G, C) asemaa lisäävät valtavan määrän vaihtelua reaalimaailman laboratorio-olosuhteissa testin toimeenpanossa, hämmentävän epäspesifinen Corman-Drosten julkaisun kuvaus ei ole sopiva standardi käyttöprotokollaksi (Standard Operational Protocol, SOP), tehden testistä epäsopivan diagnostisen työkalun identifioimaan SARS-CoV-2 virusta.

3. Vertailujaksojen (primer) valinta

Kolmannen Corman-Drosten julkaisussa identifioidun geenin (N-gene) poisjättäminen validoiduista ja suositelluista vertailujaksoista (primer) on aiheuttanut sen, että maailmalla yleisesti käytetään vain kahta primeria, mikä heikentää merkittävästi testin kykyä antaa luotettavia tuloksia.

Hyvässä primer -suunnittelussa tulisi olla primereita viruksen genomin molemmista päistä ja useammalla primerilla varmistetaan paremmin, ettei kyseessä ole pelkästään hajonneen viruksen jäänteitä (joilla ei voi enää olla infektoivaa potentiaalia).

Testi ei kykene erottelemaan kokonaista virusta viruksen osista. Siksi testiä ei voi käyttää diagnostisena työkaluna tartuntakykyisille (infektoiville) viruksille, tehden testin sopimattomaksi lajityyppiseen diagnosointiin identifioimaan SARS-CoV-2 virusta ja tekemän päätelmiä infektion olemassaolosta.

4. Reaktiolämpötila

DNA:n sulamispisteen ja monistamisen lämpötilaa ei ole riittävän hyvin määritetty.
10° C asteen ero primer pair1 apuaineen (RdRp_SARSr_F and RdRp_SARSr_R) hehkutuslämpötilassa Tm (vakava virhe, suositus 2° C) tekee myös testistä epäsopivan lajityyppiseksi diagnosointityökaluksi identifioimaan SARS-CoV-2 virusta.

5. Monistuskierrosten lukumäärä, Ct

Vakava virhe on jättää pois Ct arvo, jolla näyte arvioidaan positiiviseksi tai negatiiviseksi. Tätä Ct arvoa ei löydy myöskään myöhemmistä esityksistä, mikä tekee testistä sopimattoman työkalun identifioimaan SARS-CoV-2 virusta.

Monistuskierrosten lukumäärä tulisi olla vähemmän kuin 35; mieluiten 25-30 kierrosta.

Kun virusten määrittämisessä käytetään yli 35 monistuskierrosta, testi löytää vain signaalit, jotka eivät korreloi tartuntakykyisten virusten kanssa, kun tarttuvuus määritetään eristetyn viruksen soluviljelmän avulla /tarkastelu lähteessä 2/; jos joku testataan PCR positiiviseksi, kun kynnysarvo on 35 kierrosta tai korkeampi (kuten useimmissa laboratorioissa Euroopassa ja USA:ssa; THL:n mukaan Suomessa tyypillisesti 40), niin todennäköisyys, että henkilö on oikeasti infektoitunut on vähemmän kuin 3 %, todennäköisyys että tulos on väärä positiivinen on 97 % /tarkastelu lähteessä 3/.

6. Molekulaarinen validointi

Molekulaarinen biologinen validointi (oikeaksi todistaminen); monistettu PCR-tuote täytyy validoida joko tuotteet geelissä DNA-viivaimen (ruler) kanssa, tai suoraan määrittämällä DNA:n aminohappojärjestys.

Koska PCR tuotteita ei ole validoitu molekulaarisella tasolla, tämä tosiasia tekee protokollasta käyttökelvottoman lajityypilliseen diagnosointiin identifioimaan SARS-CoV-2 virusta.

7. Positiiviset ja negatiiviset kontrollit pitäisi olla määriteltynä tietyn viruksen määrittämisen vahvistamiseksi/kumoamiseksi

Corman-Drosten määrittelemä PCR testi ei sisällä uniikkia positiivista kontrollia arvioimaan spesifivisyyttä (specificity, oikeiden negatiivisten tulosten määrää) SARS-CoV-2:lle eikä negatiivista kontrollia sulkemaan pois muut koronavirukset, tehden testistä sopimattoman lajikohtaiseksi diagnostiseksi työkaluksi identifioimaan SARS-CoV-2 virusta.

8. Standardoinnin puute

Saatavilla tulisi olla standardi menettelytapaohje (Standard Operational Procedure, SOP). SOP yksiselitteisesti määrittää aiemmin kuvatut periaatteet, jotta kaikki laboratoriot kykenevät luomaan täsmälleen samanlaiset testiolosuhteet. Universaalin SOP ohjeen oleminen on elintärkeää, koska se mahdollistaa datan vertailun maan sisällä ja eri maiden välillä.

Corman-Drosten julkaisun testisuunnittelu on niin epämääräistä ja heikkoa, että siinä voi lähteä lukuisiin eri suuntiin; mitään ei ole standardoitu. Tämä suuresti kyseenalaistaa testin tieteellisen pätevyyden ja tekee siitä sopimattoman lajikohtaiseksi diagnosointityökaluksi identifioimaan SARS-CoV-2 virusta.

9. Vertaisarvionnin puuttuminen

Hyvin todennäköisesti Corman-Drosten julkaisua ei oltu vertaisarvioitu, mikä tekee testistä sopimattoman lajikohtaiseksi diagnosointityökaluksi identifioimaan SARS-CoV-2 virusta.

10. Kirjoittajien eturistiriidat

Löysimme vakavia eturistiriitoja vähintään neljältä kirjoittajalta, sen tosiasian lisäksi, että kaksi Corman-Drosten julkaisun kirjoittajaa (Christian Drosten and Chantal Reusken) ovat Eurosurveillance julkaisun toimituskunnan hallituksen jäseniä.

Eturistiriita lisättiin 29.7.2020 (Olfert Landt on tj. TIB-Molbiol; Marco Kaiser on vanhempi tutkija GenExpressissä ja palvelee tieteellisenä neuvonantajana TIB-Molbiolle), tätä ei oltu ilmoitettu alkuperäisessä versiossa (ja vieläkin puuttuu PubMed versioista); TIB-Molbiol on yhtiö, joka tuotti “ensimmäisenä” PCR pakkauksia (Light Mix) perustuen Corman-Drosten julkaisussa julkaistuun protokollaan, ja omien sanojensa mukaan he jakelivat näitä PCR-testipakkauksia jo ennen kuin julkaisua oli edes jätetty; edelleen Victor Corman & Christian Drosten jättivät ilmoittamatta heidän toisesta kytköksestään; kaupallisesta testilaboratorioista ‘Labor Berlin’. Molemmat ovat vastuussa viruksen diagnosoinnista siellä ja yhtiö operoi reaaliaikaisen RT-PCR testauksen alueella.

Uudelleentarkastelumme valossa olemme havainneet Corman-Drosten julkaisussa kuvatussa SARS-CoV-2 viruksen tunnistamisen testiprotokollassa huolestuttavia virheitä sekä argumentointivirheitä, jotka tekevät SARS-CoV-2 PCR-testistä kelvottoman.

JOHTOPÄÄTÖS

Päätös siitä, mitkä testiprokollat julkaistaan ja tehdään laajalti saatavilla olevaksi on suoraan Eurosurveillancen käsissä. Päätös tunnustaa tässä kuvatut ilmeiset virheet Corman-Drosten julkaisussa auttaa merkittävästi vähentämään ihmisten kuluja ja kärsimystä tästä eteenpäin.

Eikö Eurosurveillancen parhaana etuna ole vetää julkaisua pois? Meidän johtopäätöksemme on selvä. Niiden valtavien tässä kuvattujen PCR protokollan suunnitteluvikojen ja virheiden edessä päätämme: Ei ole juuri vaihtoehtoja jäljellä tieteellisen rehellisyyden ja vastuun nimissä.

LÄHTEET

[1] Corman Victor M, Landt Olfert, Kaiser Marco, Molenkamp Richard, Meijer Adam, Chu Daniel KW, Bleicker Tobias, Brünink Sebastian, Schneider Julia, Schmidt Marie Luisa, Mulders Daphne GJC, Haagmans Bart L, van der Veer Bas, van den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peiris Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3):pii=2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] Email communication between Dr. Peter Borger & Dr. Adam Meijer: Supplementary Material

[3] Jafaar et al., Correlation Between 3790 Quantitative Polymerase Chain Reaction–Positives Samples and Positive Cell Cultures, Including 1941 Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Isolates. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, January 21st 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836 ;
Archive: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics – COVID19-deaths worldwide: https://bit.ly/3fndemJ
Archive: https://archive.is/PpqEE

[6] “Review report Corman-Drosten et al.” Eurosurveillance 2020, Pieter Borger et al. Nov. 27, 2020.
https://cormandrostenreview.com/

 

Kirjoittajien yhteys:

1) Dr. Pieter Borger (MSc, PhD), Molecular Genetics, W+W Research Associate, Lörrach,
Germany,
2) Rajesh Kumar Malhotra (Artist Alias: Bobby Rajesh Malhotra), Former 3D Artist / Scientific
Visualizations at CeMM – Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences
(2019-2020), University for Applied Arts – Department for Digital Arts Vienna, Austria
3) Dr. Michael Yeadon BSs(Hons) Biochem Tox U Surrey, PhD Pharmacology U Surrey.
Managing Director, Yeadon Consulting Ltd, former Pfizer Chief Scientist, United Kingdom,
4) Dr. Clare Craig MA, (Cantab) BM, BCh (Oxon), FRCPath, United Kingdom
5) Kevin McKernan, BS Emory University, Chief Scientific Officer, founder Medical Genomics,
engineered the sequencing pipeline at WIBR/MIT for the Human Genome Project, Invented
and developed the SOLiD sequencer, awarded patents related to PCR, DNA Isolation and
Sequencing, USA
6) Prof. Dr. Klaus Steger, Department of Urology, Pediatric Urology and Andrology,
Molecular Andrology, Biomedical Research Center of the Justus Liebig University, Giessen,
Germany
7) Dr. Paul McSheehy (BSc, PhD), Biochemist & Industry Pharmacologist, Loerrach, Germany
8) Dr. Lidiya Angelova, MSc in Biology, PhD in Microbiology, Former researcher at the
National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), Maryland, USA
9) Dr. Fabio Franchi, Former Dirigente Medico (M.D) in an Infectious Disease Ward,
specialized in “Infectious Diseases” and “Hygiene and Preventive Medicine”, Società
Scientifica per il Principio di Precauzione (SSPP), Italy
10) Dr. med. Thomas Binder, Internist and Cardiologist (FMH), Switzerland
11) Prof. Dr. med. Henrik Ullrich, specialist Diagnostic Radiology, Chief Medical Doctor at
the Center for Radiology of Collm Oschatz-Hospital, Germany
12) Prof. Dr. Makoto Ohashi, Professor emeritus, PhD in Microbiology and Immunology,
Tokushima University, Japan
13) Dr. Stefano Scoglio, B.Sc. Ph.D., Microbiologist, Nutritionist, Italy
14) Dr. Marjolein Doesburg-van Kleffens (MSc, PhD), specialist in Laboratory Medicine
(clinical chemistry), Maasziekenhuis Pantein, Beugen, the Netherlands
15) Dr. Dorothea Gilbert (MSc, PhD), PhD Environmental Chemistry and Toxicology. DGI
Consulting Services, Oslo, Norway
Review Report – Corman-Drosten et al., Eurosurveillance 2020
16) Dr. Rainer J. Klement, PhD. Department of Radiation Oncology, Leopoldina Hospital
Schweinfurt, Germany
17) Dr. Ruth Schruefer, PhD, human genetics/ immunology, Munich, Germany,
18) Dra. Berber W. Pieksma, General Practitioner, The Netherlands
19) Dr. med. Jan Bonte (GJ), Consultant Neurologist, the Netherlands
20) Dr. Bruno H. Dalle Carbonare (Molecular biologist), IP specialist, BDC Basel, Switzerland
21) Dr. Kevin P. Corbett, MSc Nursing (Kings College London) PhD (London South Bank)
Social Sciences (Science & Technology Studies) London, England, UK
22) Prof. Dr. Ulrike Kämmerer, specialist in Virology / Immunology / Human Biology / Cell
Biology, University Hospital Würzburg, Germany

 

Joitakin tekstin selityksiä, pääasiassa Wikipediasta:

(*) RT-PCR, “a real-time polymerase chain reaction” tunnetaan myös nimellä “a quantitative Polymerase Chain Reaction” (qPCR), koska menetelmä mittaa samalla määrää. Tästä käytetään nimitystä käänteinen transkriptio-polymeraasi ketjureaktio.

Menetelmää varten tutkittavan näytteen sisältämä RNA on ensin muunnettava DNA:ksi. Sen jälkeen näytettä monistetaan niin monta kertaa, että näytteen sisältämät molekyylit kyetään havaitsemaan tai saavutetaan etukäteen määritetty monistamiskierrosten raja, jonka jälkeen entuudestaan tiedetään, että näyte ei todennäköisesti enää sisällä etsittyä ainesosaa, kun positiivista tulosta ei ole saavutettu siihen mennessä; taustakohina ja virheiden mahdollisuus kasvavat monistuskierrosten kasvaessa ja kierroksia lisäämällä lopulta kaikista näytteistä saatetaan saada positiivinen tulos. Yhdellä monistuskierroksella näyte aina tuplaantuu.

Menetelmä kykenee teoriassa löytämään yksittäisen molekyylin näytteestä, mutta muutama molekyyli tai mikrobi ja varsinkaan mikrobin palaset eivät kykene vielä infektoimaan ketään ja mm. sen vuoksi menetelmän käyttöä ainoana diagnosointivälineenä on kritisoitu voimakkaasti. Menetelmä monistaa tehokkaasti näytettä ja vertaa lyhyitä genomin vertailujaksoja (primer) näytteen sisältöön. Menetelmä ei kykene määrittämään kokonaisia viruksia tai infektiota.

(**) Primer on lyhyt DNA synteesin apuaine, joka käytössä kaikissa elävissä organismeissa.

(***) Julkaisussa nimitetty 2019-nCoV on helmikuussa 2020 nimetty SARS-CoV-2:ksi kansainvälisen virusasiantuntijaryhmän toimesta.

Corman-Drosten et al. julkaisivat artikkelin “Uuden koronaviruksen (2019-nCoV) havaitseminen reaaliaikaisella RT-PCR testillä” Eurosurveillance -julkaisussa 23.1.2020 /1/ ja sen pohjalta RT-PCR testi otettiin myöhemmin laajalti käyttöön SARS-CoV-2 viruksen määrittämiseen ympäri maailmaa. Oletetulle virukselle annettiin virallinen nimi WHO:ssa helmikuussa 2020.

 

Tästä voit ladata käännöksen pdf-tiedostona: